Bajo la nueva decisión conceptual del Museo, el proyecto fue reestructurado perfeccionándose el diseño definitivo de su arquitectura y funcionalidad museográfica.El edificio fue concebido arquitectónicamente como una gran pirámide trunca de concreto armado, inspirada en los antiguos santuarios Mochicas. El concepto, manejado por el arquitecto Celso Prado, fue la creación de un volumen arquitectónico de evocación histórica y definida personalidad que sin llegar a una reproducción o recreación, se constituyera en un verdadero modelo arquitectónico original
Previendo las necesidades de circulación y servicios y tratando de superar los problemas funcionales de los museos actuales, se cuidó de separar cada una de las áreas.
En todo momento, arqueólogo y arquitecto convinieron que ninguna de las instalaciones o ambientes debían obstaculizar sus funciones. De tal suerte que en la plaza podría encontrarse un bullicioso grupo de escolares, mientras en el auditorio se desarrolla una conferencia y en el museo (aislados de todo el ruido) los visitantes continúan inmersos apreciando el tesoro cultural y conociendo su significado.
El término de la obra física del Museo con sus acabados básicos se concluyó alrededor de octubre del año 2001, convocándose paralelamente los concursos para la confección de vitrinas, sistemas de iluminación, seguridad y museografia
